Aan de hand van het Columbine-Highschool-drama, waarbij twee scholieren het vuur openden op hun schoolgenoten en vervolgens zichzelf doodschoten, presenteert Michael Moore zijn ironische kijk op het gebruik van geweld en wapens in Amerika, waar banken een geweer kado geven bij het openen van een rekening. Hij bezoekt de wapenfabriek waar ouders van de kinderen uit Columbine werken en interviewt shockrocker Marilyn Manson en NRA-voorzitter Charlton Heston. Hij gaat op de koffie bij de broer van Terry Nichols, die samen met Timothy McVeigh terechtstond voor het opblazen van het overheidsgebouw in Oklahoma, onderzoekt het educatieve belang van bowlen en probeert het verschil in vuurwapenslachtoffers te verklaren tussen Canada en de Verenigde Staten. "Bowling for Columbine" maakt voor Amerikanen het proces op van een cultuur die gebaseerd is op angst, die zich tot aan de tanden gewapend heeft en volledig dol aan het draaien is.

Moore plaatst de geweldplegingen in de VS in een breder kader en overloopt de geschiedenis van de Amerikaanse militaire interventies gedurende de laatste 50 jaar, inclusief de dag waarop de VS het grootschaligste bomoffensief uitgevoerd hebben in Kosovo, op 20 april 1999, dezelfde dag als het drama op Columbine Highschool. Hij toont hoe die tragedies een rol spelen in de oorlog om de kijkcijfers en ontluistert de mythe van de onoverwinnelijke Amerikaanse economie.