'En Kongelig Affære' vertelt het verhaal van koningin Caroline Mathilde (Alicia Vikander) die op 15-jarige leeftijd trouwt met de gestoorde koning Christian VII. In 1769 wordt Johann Friedrich Struensee (Mads Mikkelsen) aangenomen als dokter van de koning, die onder andere aan schizofrenie lijdt. De jonge koningin wordt verliefd op Struensee en de twee houden er een geheime affaire op na. De ''verboden liefde'' blijkt een revolutie, die de Natie voor eens en altijd zal gaan veranderen.
