Cole Young, een uitgerangeerde MMA-vechter, raakt betrokken bij de decennialange bovennatuurlijke oorlog tussen twee lang geleden overleden ninja-clans. Young raakt vervolgens met verschillende anderen verwikkeld in een vechttoernooi dat georganiseerd wordt door Raiden. Onder hen bevinden zich onder andere Jax en Sonya Blade, die een vreemde band met Young delen in de vorm van mysterieuze moedervlekken. Samen vechten ze tot de dood om de wereld te beschermen tegen de slechte tovenaar Shang Tsung
