Sonatine speelt zich af in de wereld van Yakuza, de Japanse onderwereld. Hier heeft Murakawa (Takeshi Kitano) de reputatie een van de hardste en gewelddadigste gangsters van Tokio te zijn. Hij wil gepast afscheid nemen met een laatste eervolle opdracht. Als in Okinawa een gangsteroorlog ontbrandt ziet hij zijn kans schoon. Aangespoord door zijn baas reist hij met een aantal van zijn bendeleden er heen om orde op zaken te stellen. Door zijn komst slaat de vlam pas goed in de pan. Murakawa leidt zware verliezen en is genoodzaakt zich terug te trekken in een afgelegen villa. Daar wordt de tijd gedood met schijnbaar onschuldige spelletjes en ziet Murakawa zijn groep uiteenvallen.
