Miles Morales is een tienerjongen uit Brooklyn die op een dag door een mysterieuze spin gebeten wordt en superkrachten ontwikkelt. Hij ontmoet Spider-Man, die een reusachtige deeltjesversneller van de Kingpin probeert te ontmantelen, maar hier helaas niet in slaagt. Via deze deeltjesversneller komt Miles in contact met de Peter Parker/Spider-Man van een parallel universum. Miles ontdekt vervolgens dat er nog meer universa met elk hun eigen Spider-Man zijn. Zo ontmoet hij onder meer Spider-Gwen, Spider-Man Noir en Peni Parker. Samen proberen ze de plannen van de Kingpin te dwarsbomen om te voorkomen dat alle universa vernietigd worden.
